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2008年8月下旬，川震百日祭后，救援部队开始撤出，媒体不再报道校难；成都环保工作者谭作人和当地志愿者，依然在废墟之地奔走，寻找校舍垮塌原因。 秋去冬来，谭作人和他的同事谢贻卉在主灾区10个县市80多个乡镇跋涉，累计行程3000公里，终于在5.12周年祭前，通过网络发出调查报告，这是有关川震校难的第一份公民独立调查报告。同时，北京艺术家艾未未发起进一步的公民行动，新的志愿者来到四川，寻找遇难学生名单。本片是有关公民调查的不完整记录，也是提交给谭作人“涉嫌颠覆国家政权案”主审法庭的有一份证言。

本片记录了发生在2008年5.12四川大地震前后的故事中。讲述者主要是遇难学生的父母，其间也穿插了传媒工作者、独立学者、网络作家、地质专家、环保和法律工作者的评述。他们从不同的角度表达对川震的看法。

这部纪录片中，制片人艾晓明和志愿者谢贻卉探访了2008年四川大地震遇难学生的家长，寻找着北川中学施工图知情人。这部纪录片呈现了地震游的兴起，记录了志愿者、遇难家长和观光客在周年祭的心理状态。影片中穿插了家长2008年拍摄的北川中学教学楼取样视频史料、建筑师朱涛对施工图和教学楼质量的分析、以及母亲、老师、摄影师的观感。

该片讲述谭作人和艾未未的故事。2009年7月，四川环保工作者谭作人被控“煽动颠覆国家政权罪”，案件在成都一审开庭。北京艺术家艾未未应律师之邀出庭作证，开庭前一晚却遭警方骚扰并被控制在宾馆不能出庭。艾未未在警察进入房间之间打开了摄像机，得以记录下当时的情况。后来艾未未团队制作并发布了关于这一事件的纪录片《老妈蹄花》。《花儿为什么这样红》采访了《老妈蹄花》的幕后人物，包括导演、摄影师、剪辑师，以及该片的观众，记录下当时公民和国家的关系。