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2008年8月下旬，川震百日祭后，救援部队开始撤出，媒体不再报道校难；成都环保工作者谭作人和当地志愿者，依然在废墟之地奔走，寻找校舍垮塌原因。 秋去冬来，谭作人和他的同事谢贻卉在主灾区10个县市80多个乡镇跋涉，累计行程3000公里，终于在5.12周年祭前，通过网络发出调查报告，这是有关川震校难的第一份公民独立调查报告。同时，北京艺术家艾未未发起进一步的公民行动，新的志愿者来到四川，寻找遇难学生名单。本片是有关公民调查的不完整记录，也是提交给谭作人“涉嫌颠覆国家政权案”主审法庭的有一份证言。

该影片记录了河北邢台农村妇女刘显红打官司的故事。她因在医院输血感染艾滋病毒，决定公开身份、起诉医院，历经艰险终于获取赔偿。以她的经历为主要线索，影片通过几个家庭的遭遇和感染者成立"关爱"小组集体维权的努力，呈现出在基层农村涌动的公民权利意识。由于社会关怀、媒体介入和法律援助，政府也转变了态度，并出台了改善感染者处境的政策。

这部纪录片中，制片人艾晓明和志愿者谢贻卉探访了2008年四川大地震遇难学生的家长，寻找着北川中学施工图知情人。这部纪录片呈现了地震游的兴起，记录了志愿者、遇难家长和观光客在周年祭的心理状态。影片中穿插了家长2008年拍摄的北川中学教学楼取样视频史料、建筑师朱涛对施工图和教学楼质量的分析、以及母亲、老师、摄影师的观感。

河南省贫困乡村的许多农民因卖血感染艾滋病。该纪录片深入这些艾滋病人中，描述他们如何面对生活，官员怎样应对这些情况，以及志愿者如何协助染病的村民。导演进入中原若干艾滋病高发村采访，倾听农民诉说当年“血浆经济”兴起的历史背景，呈现因献血输血感染艾滋病的家庭，尤其是妇女儿童的生存状况，并记录民间组织在基层的形成和努力。

2008年初，中国春节临近，铁路南北大动脉京广线中断、列车停运；除夕之前，成千上万的广东外来工集聚在广州火车站，等待开往家乡的列车。广东省紧急启动最高级别的春运预案，举办广交会的交易中心大厅首次作为候车室为农民工敞开，军区调兵遣将奔赴粤北抢修京珠高速；许多志愿者开展服务为民工分忧。 汹涌的人流吞没了年轻女工李红霞的生命；而急切回家结婚的工人李满军从高架桥跳上列车触电伤重不治。该片记录了1月27日到2月6日农历除夕期间广州火车站的场景。围绕广州发生的故事，作者也先后到深圳、韶关、乳源以及遇难者的家乡湖北监利、湖南岳阳农村采访。

该片讲述谭作人和艾未未的故事。2009年7月，四川环保工作者谭作人被控“煽动颠覆国家政权罪”，案件在成都一审开庭。北京艺术家艾未未应律师之邀出庭作证，开庭前一晚却遭警方骚扰并被控制在宾馆不能出庭。艾未未在警察进入房间之间打开了摄像机，得以记录下当时的情况。后来艾未未团队制作并发布了关于这一事件的纪录片《老妈蹄花》。《花儿为什么这样红》采访了《老妈蹄花》的幕后人物，包括导演、摄影师、剪辑师，以及该片的观众，记录下当时公民和国家的关系。