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2003年被称为中国公民维权运动元年，它以广州的孙志刚事件为标志。与此同时，发生了为湖南女教师黄静争取法律公正的运动，它是以受害人家人、网民、女权主义学者和活动家为主体的，并且延续了数年时间。本片记录了黄静案从立案到判决后的讨论过程，并分析针对妇女的性暴力活动。

2005年秋，广州番禺太石村因村官卖地，引起村民强烈不满；数百人签名，依法要求罢免村长。村民查封了村委会财务室，并通过静坐等形式表达诉求。政府部门动用警力抓捕了村民中的活跃分子，但村民坚持要求启动罢免程序。政府部门终于派出工作组，到村里核实签名。 太石村罢免事件得到中外媒体高度关注，同时也引起当地政府的不安。9月12日，政府派出警察包围太石村，抓走了在村委会室静坐的几十位村民。尽管受到种种打压，太石村民坚持按自己意志选出了罢免村委会主任的选举委员会。政府继而派出工作组进一步施加压力，迫使被选举成员逐一退出。秋风秋雨中，被雇来的打手组成巡逻队，将律师和记者轰出村外。 该片记录了这场村民自治运动的抗争场面和悲剧结局，呈现了广东农村涌动的权利意识；从中可以看到村民运用选举权的能力以及政府应对基层民主的惯性方式。

河南省贫困乡村的许多农民因卖血感染艾滋病。该纪录片深入这些艾滋病人中，描述他们如何面对生活，官员怎样应对这些情况，以及志愿者如何协助染病的村民。导演进入中原若干艾滋病高发村采访，倾听农民诉说当年“血浆经济”兴起的历史背景，呈现因献血输血感染艾滋病的家庭，尤其是妇女儿童的生存状况，并记录民间组织在基层的形成和努力。

2011年9月21日，广东省汕尾市乌坎村村民进行大规模上访游行，要求彻查土地问题。次日村内爆发警民冲突，原村委会解体，村民成立临时代表理事会。2011 年 12月9日，五位乌坎村民先后被警方拘留，其中包括村民临时代表理事会副会长薛锦波。两天后，薛锦波死于看守所，警方封锁了到达乌坎的道路和港口。2011年12月 19日，汕尾市书记郑雁雄有关乌坎事件的讲话传到乌坎。纪录片导演艾晓明当晚潜入村内，记录下乌坎村民的愤怒与抗争。

该片讲述谭作人和艾未未的故事。2009年7月，四川环保工作者谭作人被控“煽动颠覆国家政权罪”，案件在成都一审开庭。北京艺术家艾未未应律师之邀出庭作证，开庭前一晚却遭警方骚扰并被控制在宾馆不能出庭。艾未未在警察进入房间之间打开了摄像机，得以记录下当时的情况。后来艾未未团队制作并发布了关于这一事件的纪录片《老妈蹄花》。《花儿为什么这样红》采访了《老妈蹄花》的幕后人物，包括导演、摄影师、剪辑师，以及该片的观众，记录下当时公民和国家的关系。