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2003年被称为中国公民维权运动元年，它以广州的孙志刚事件为标志。与此同时，发生了为湖南女教师黄静争取法律公正的运动，它是以受害人家人、网民、女权主义学者和活动家为主体的，并且延续了数年时间。本片记录了黄静案从立案到判决后的讨论过程，并分析针对妇女的性暴力活动。

该片讲述谭作人和艾未未的故事。2009年7月，四川环保工作者谭作人被控“煽动颠覆国家政权罪”，案件在成都一审开庭。北京艺术家艾未未应律师之邀出庭作证，开庭前一晚却遭警方骚扰并被控制在宾馆不能出庭。艾未未在警察进入房间之间打开了摄像机，得以记录下当时的情况。后来艾未未团队制作并发布了关于这一事件的纪录片《老妈蹄花》。《花儿为什么这样红》采访了《老妈蹄花》的幕后人物，包括导演、摄影师、剪辑师，以及该片的观众，记录下当时公民和国家的关系。